Η Φαρμακευτική Σχολή στο Hradec Kralove ιδρύθηκε το 1969, συνεχίζοντας την παλιά παράδοση της φαρμακευτικής εκπαίδευσης στο Πανεπιστήμιο του Καρόλου. Πρόκειται για ένα πενταετές πρόγραμμα σπουδών, οι απόφοιτοι του οποίου αποκτούν πτυχίο Magister. Οι φοιτητές της Φαρμακευτικής Σχολής έχουν την ευκαιρία να ειδικευτούν κατάλληλα και σύμφωνα με τα ενδιαφέροντά τους, αφού εκτός από τα υποχρεωτικά μαθήματα μπορούν να επιλέξουν διάφορα προαιρετικά και προτεινόμενα μαθήματα. Το πρόγραμμα σπουδών συμβαδίζει με το πρότυπο των ευρωπαϊκών φαρμακευτικών επιστημών και δημιουργεί τη βάση για μεταπτυχιακές σπουδές. Το πτυχίο είναι αναγνωρισμένο παγκοσμίως. Όλα τα μαθήματα και οι διαλέξεις γίνονται στην αγγλική γλώσσα και το πρόγραμμα σπουδών είναι ακριβώς το ίδιο με το πρόγραμμα του τσεχόφωνου τμήματος.
